本土疫情遲遲尚未控制，全國三級警戒延長到下個月14日，科技部也在16日通令，國家海洋研究船隊因應疫情升溫取消出航，沒想到停泊在台南安平港的勵進號，在全台3級警戒當天出航，這不禁讓外界擔憂，是否會重演之前爆發過磐石艦、鑽石公主號的群聚事件，對此科技部表示，勵進號是因為沒有收到取消通知才會出航，內部會再討論是否有行政疏失。

海軍敦睦700多名官兵，磐石艦上有36人染病，所到之處不但全面大清消外，甚至有20多萬人收到細胞簡訊，鬧得滿城風雨，鑽石公主號郵輪則是超過700人被感染，12人死亡。許多郵輪公司因此暫停運營，減緩疫情蔓延，就怕類似事件重新上演。

科技部16日通令，國家海洋研究船隊取消出航，但停泊在台南安平港的勵進號，卻照常出航，台灣海洋科技研究中心主任王兆璋說：「一般出去如果滿航滿載的話，是19個船員加上24到25個科學家，(當時)台北新北是三級之外，其他的地方都還在二級，居住在新北雙北，還有其他儀器設備在新北雙北，我們就禁止他登船。」

新海研1日到3日，海洋研究船都接獲通知避免群聚，暫停航次執行，但以深海探測為主的勵進號，19日出航後，才發現全國升到三級警報，對此他們也緊急發出聲明。台南市長黃偉哲說：「它不可能科技部一個公家研究船，會直接開出去，它一定會經過一個相關的申報。」，台南市衛生局長許以霖說：「國際線是由疾管署去負責，但是我們市府會提供，疾管署相關防疫協助。」>>，台南市府也強調，返港後會全面大清消，但在這敏感時間點上，就算不是刻意，但是也給外界不良觀感。