台北市長柯文哲25日記者會上，說台北市疫苗只剩兩瓶，只夠20個人施打。不過，中央流行疫情指揮中心卻回應，台北市醫療院所疫苗，截至25日尚有7300多劑是全台最多的。這中間的落差到底怎麼回事？原因可能來自雙方計算的基礎與方式不同，北市府發言人陳智涵表示，他們指的是台北市衛生局可以分配的數量，而不是整台北市醫療院所能分配到的數量。面對這樣的爭議，副指揮官陳宗彥，則重申存量有一定的統計數量。

台北市長柯文哲說：「我認為這個狀況，要撐到八月撐不下去會死傷慘重。」，一早防疫會議，台北市長柯文哲又說了重話，就像針對指揮官陳時中，那句八月疫苗達1000萬劑，台北市長柯文哲說：「我們如果要等到八月打疫苗，而且是要打國產疫苗，這等於國運賭在一個不可知的，就是把國家的命運賭在不可知的問題上。」

疫苗全台搶得兇還再度引起地方中央隔空喊話，台北市長柯文哲說：「事實上我就明白講，我們目前衛生局只剩下兩瓶，可以打二十個人。」，疫情指揮中心發言人莊人祥就回應，台北市醫療院所還有7300多劑還沒用是全台最多，莊人祥說不清楚柯文哲所謂的2瓶　是不是沒算入醫療院所數量，還是指衛生局還沒配送的疫苗數量。

台北市發言人陳智菡說：「台北市衛生局這邊，所能夠掌控的疫苗已經是一瓶不剩，中央不要，再玩弄這種文字的遊戲，還有數字的遊戲。」，中央流行副指揮官陳宗彥說：「這個存量的部分，都有一定的統計數量啦。」，疫苗數量趕不上要施打的數量，也讓市府持續喊話，台北市發言人陳智菡說：「這一批四十一萬劑的疫苗，中央預計要分配給台北市是，兩萬兩千劑，統計至少要三萬四千劑才夠。」

疫苗需要量大也跟北市疫情大有關係，副市長黃珊珊25日PO影片，確診在家會變常態，指揮中心也回應說她一早有提醒會請專家小組討論，地方和中央聽起來因為疫情關係都互通有無，卻也不時靠著隔空喊話來傳達資訊。