為了避免敦睦艦隊染疫事件，造成造成帛琉與台灣外交緊張，釐清感染源真相成了中央流行疫情指揮中心的主要目標，目前累計官兵一共24人感染，其中有18人沒有明顯症狀，疫調也相對困難，國內專家推測，軍艦在海上時間長，空間有限的情況下，疫情恐怕已經感染了好幾波。 中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中說：「案情還沒有清楚前，我們不分境內境外，我們直接就以敦睦艦隊，這樣起一案。」敦睦艦隊官兵到底在哪裡感染到新型冠狀病毒，境內境外撲朔迷離，2月21號全員出航，3月12號到3月15號在帛琉活動，卻遲遲到4月初才有第一個發病的個案，昨(19)日漏夜採檢確診共24人染病，卻有18人沒有症狀。 從發病時間軸來看，潛伏期早就超過了14天，加上無症狀感染者多，專家研判率先確診的個案早就不是第一波的感染者了。台灣感染症醫學會理事長黃立民說：「大概五天就要傳到下一個人去了，海上就有一個月，所以光在海上這段時間，可能就可以傳最多傳六波，最少可以傳到三波，下船還被確診就知道這個病毒，在船上一定是一段時間了。」 不論從台灣出發或是抵達帛琉，時間都已經相當久遠，很難界定到底是誰傳給誰，國內感染科醫師建議，單靠核酸檢測不夠清楚，應該要採用血清檢驗才能真正追到感染源，台灣感染症醫學會理事長黃立民說：「這其實一次PCR(核酸檢測)只有50%的陽性率，他的病毒已經清掉了，然後可是他已經傳過了，他自己也好掉了，所以這時候驗他驗不到病毒，可是驗抗體還可能是陽性的。」 至於是否要普篩，醫師則建議要是檢驗量能許可現階段應該是要針對，特定職業像醫療人員、軍人、航空業這些高風險的對象，進行定期篩檢才能掌握社區感染風險。