為防堵秋行軍蟲對農業之危害，經濟部水利署動員所屬機關人力及防汛志工加強轄管河川區域、水庫周邊等範圍之巡查工作，自6月13日至6月21日止，巡查位置超過1200處，期間成功通報二件確認案例。 經濟部為防治對農業危害的秋行軍蟲幼蟲，於6月13日成立「秋行軍蟲災害工作小組」，並要求所屬機關全面動員防範蟲害，水利署即於本月13日建立通報平台，並要求所屬機關針對河川區域、水庫周邊等範圍加強巡查，落實防疫工作，並向經濟部秋行軍蟲災害工作小組回報每日巡查情形。水利署表示，自6月13日至6月21日止，該署動員所屬機關人員及防汛志工進行大規模巡查超過1200處，並於6月14日在大漢溪及朴子溪發現有秋行軍蟲疑似案例，立即通報農委會動植物防疫檢疫局，經防檢局確認為秋行軍蟲及接手處理後續銷毀事宜。 水利署及所屬機關將持續協助向民眾宣導，同時提醒申請河川公地種植之農民注意是否有秋行軍蟲蹤跡，並請河川駐衛警於河川巡防時多加留意，為防疫工作多盡一份心力。