颱風不只造成原水濁度飆升，台灣大學環境工程研究所、成功大學環境工程系聯手，首度證實短期暴雨將影響集水區水質，水中的致癌物總三鹵甲烷（ＴＴＨＭ）、溶解性有機碳（ＤＯＣ）飆升四成到兩倍，且推翻以往把自來水煮沸五分鐘就安全的觀念，提醒民眾風災後的用水需更小心謹慎。 因為風災帶來強降雨會把農藥、肥料等不明有機化合物沖入集水區，自來水廠加氯消毒，也會產生致癌消毒副產物（ＤＢＰ）前驅物質。不過對此台北自來水處回應，颱風前都低於水質標準的十分之一，就算颱風過後上升兩倍，對水質影響應該也不會太大，希望民眾不要過於恐慌。