東京羽田機場發生日本航空客機，與海上保安廳飛機碰撞後起火。日本國土交通省指出，事發前機場塔台人員，對日航客機允許降落；同時也對海上保安廳飛機，下達「滑行到跑道前」的指示。有宣稱知道內情的非官方人員，向一家日本媒體透露，海上保安廳飛行員，可能將「請滑行至跑道前停下來」這句指令，誤聽為「請進入跑道，並停下來」，才造成這起不幸的意外。

日本航空516航班，著陸不久立刻冒出巨大火球。為何這起兩機在跑道撞上的悲劇，會發生在東京羽田機場？有在日本航空開過飛機、目前轉為評論員的專家說，昏暗的視野可能令撞擊的雙方，都難以察覺對方的存在。 航空評論家：「目標又小又黑，畢竟是小飛機，從海保機飛行員角度，客機難以看到，這些(導致意外)的不幸情況，全都聚在一起。」

日本國土交通省目前確認到，日航客機從著陸到停止，大約在整段路徑三分之一處，撞上海上保安廳飛機。而海保機為何會進入C跑道，有知情人士向媒體透露，可能是海保機飛行員，誤聽了塔台的指示。 前日本航空機長塚原敏夫：「請在跑道前停下來這句指令，被誤聽為請進入跑道並停下來。」

NHK報導，在塔台指示日航可以進場降落當下，日航機長複誦了指令，並執行「著陸」。日航官方人員也在記者會上強調，JL516航班執行的是正常著陸程序， 日航安全推進本部長堤正行：「當飛機正常接近跑道，並開始正常的著陸動作時，發生了撞擊導致整起事故。」有業餘無線電愛好人士，取得事發當時塔台與各架飛機的通訊語音，不過難以拼湊出一個結論。東京警視廳宣布，將在東京機場警察署設立搜查本部，針對這起事件朝「業務過失致死」方向進行調查。