由於官方與民間緊密合作，造就日本觀光產業興盛的榮景，不過隨著訪日旅客逐年攀升，日本航空運輸的硬體條件逐漸跟不上遊客成長的速度，其中包括飛行員短缺、機場設施擁擠、空中交通擁塞以及航管服務跟不上等各種難題，日本面臨航空產業的大挑戰。 根據日本《產經新聞》報導，國際民用航空組織(ICAO)預測，到2030年亞太地區需要23萬名飛行員，而截至去(106)年1月，日本主要航空公司的飛行員約有6400人，考慮到退休所導致的飛行員人數自然減少，日本國土交通省推算，2020年必須新確保380位飛行員，2030年需新確保430人。而當前每年只能確保300人，依然存在缺口。 除此之外，日本還得面臨著中國的航空公司高薪挖角危機，使得日本航空公司須開始培訓飛行人員，而國土交通省也增加了航空大學的培養人數，並將積極促使前自衛隊飛行員加入。 然而，日本航空公司的短缺危機不僅存在於人力上，日本機場的吞吐量也已逼近極限。以東京成田機場為例，廉價航空專用的第3航廈的使用人數在2017年達到764萬人次，突破了750萬的旅客吞吐量。日本當局計畫在2030年將訪日旅客提升至6000萬人次，縱然日本已開始興建新航廈，預計能將吞吐量提高至1500萬人，但屆時日本機場將會再次迎來極限。 日本目前積極採取應對措施，例如：重新錄用已經離開公司的員工，並增加培訓人員；除此之外，日本政府也積極引入自動化設備至機場，以應對人力不足的問題。