日本宇宙航空研究開発機構設在茨城縣筑波市的太空中心，也在這次大地震中受到嚴重毀損。這個中心原本負責國際太空站上「希望號」太空實驗室的遙控監測工作，已經轉移給美國太空總署休士頓太空中心操作。但是「鸛鳥號」無人太空船的遙控作業，則暫時停擺。