日本九州雖然距離梅姬颱風很遙遠，但受到鋒面滯留影響，位於鹿兒島縣外海的奄美大島一天之內降下九百毫米的雨量，打破百年來的氣象記錄，不但淹沒這座小島，造成好幾千人受困，以及至少三人死亡的不幸。 　　從天而降的傾盆大雨，在短短二十四小時內，讓鹿兒島縣的奄美大島幾乎泡在水裡看不到一塊地面，而且積水將近半個人高，消防人員動員以人力接駁方式，把受困老人一個個背出來。受到梅姬颱風外圍環流影響，奄美大島單日最大雨量達到九百五十毫米，相當於平均年雨量的三分之一，甚至打破百年來的氣象記錄。 　　而且突如其來的洪水，把停車場的汽車全都衝得七零八落浮出水面，還有民眾因為來不及逃生，冒雨跑到屋頂上等候救援。根據報導，這場大水不但吞噬一家安養院，還沖垮好幾棟房屋，各地災情頻傳，而且馬路柔腸寸斷加上通訊電力停擺，日本政府緊急調派自衛隊投入救災，而且氣象預測雨勢還會繼續，呼籲災民仍須全面戒備。