混元禪師離世，留下的兩大建築，一直以來都是話題，2024年動工的唯心大禮堂，外型設計包含圓拱型大門和巴洛克風格圓柱，跟總統府一模一樣，更因此有「禪師和政界高層要好」的說法。另外南投禪機山仙佛寺，占地一萬五千坪，2005年被踢爆是大型違建，當年混元禪師說，一旦被認定要拆除，他會自己拆，事隔20多年，南投縣府說，仙佛寺已經取得寺廟的補辦登記證，配合縣府就地合法化。

整棟未完工的建築，被鷹架以及防塵網包圍，上面還有工人加緊趕工，這裡是混元禪師2年前斥資近13億元，要在南投打造的唯心大禮堂，預計在2026年5月完工，總共可容納5千人，完工後的禮堂外觀，當時透過模擬影片提前曝光。

圓拱型的大門，還有巴洛克風格圓柱，以及整體的紅色外觀和明顯高塔，唯心大禮堂的設計模板跟總統府相似度非常高，在當時吸引不少討論，甚至出現「禪師和政界高層要好」的說法，但為什麼禮堂會設計得這麼像總統府？混元禪師當年，在動土典禮上沒有正面回應，他強調自己的法門融合易經風水，而且在35年前就發願要蓋這座禮堂。

混元禪師(2024.05.06)說：「大禮堂能成為台灣的指標，台灣的尊嚴。」除了蓋禮堂，混元禪師也在南投興建禪機山仙佛寺，佔地一萬五千坪，在2005年曾被點名涉及違建，混元禪師當時強調，一旦縣府認定該拆，他會自己拆。

南投縣政府民政處長林琦瑜說：「本縣的仙佛寺，已經取得寺廟的補辦登記證。」縣府表示，這幾年透過專案輔導，已經完成仙佛寺補辦登記，就地合法化。