象徵國家最高榮譽之一的「中正勳章」，被認為有營造威權統治時期，統治者被擁戴形象之意，因此2016年政黨輪替之後，就沒有再頒授，內政部近期送交立法院的報告顯示，「中正勳章」存廢問題不是單一機關可以處置，強調會持續研議。

在五院院長觀禮下，時任總統馬英九，親自頒贈「中正勳章」，給副總統蕭萬長，表彰長期以來，對民主憲政的貢獻，但至此以後2016年，蔡英文政府就任後，「中正勳章」便再沒被頒授，有不少立委認為，充滿威權時期，統治者被擁戴形象之意，甚至主張政府推動轉型正義下，應該要被優先廢除。

立委(民)賴瑞隆說：「畢竟當時確實是威權時代下的一個產物，也因此到了轉型正義後，台灣民主化後，在2017年蔡英文總統就不再做發放，我們認為這是一個務實的一個作法，未來這個中正勳章的存廢這可以討論。」

但要凝聚國人更高的共識，「中正勳章」存廢，再次被翻出來討論，根據內政部近期，送交立法院的報告，提到「是否廢除非單一機關可以處置」，「會適時跟相關機關溝通」，而看看過去總共有12位獲頒中正勳章，第一位民國70年，時任總統府戰略顧問顧祝同，另外包含時任副總統連戰，監察院長錢復，立法院長王金平，還有行政院長劉兆玄，以及副總統蕭萬長、吳敦義等人，都獲得此勳章。

不過政黨輪替後，民進黨則是頒授，高一階的中山勳章，表彰對建國事業有特殊勳勞者，台灣自總統直選以來，只有副總統呂秀蓮、陳建仁獲得此勳章，國民黨主席朱立倫說：「不管今天是叫中山今天叫中正，或者是今天叫什麼名稱，這都是國家的一個勳獎，不要有任何的意識形態。」還是主張鞏固深藍，畢竟勳章去留牽涉轉型正義，難題再拋回執政黨手裡。