昨(13)日傍晚開始，網路就流傳了好幾段影片，說是有作票疑慮，甚至連百萬Youtuber愛莉莎莎，都轉發分享，還拿出中選會公開的作業流程標準，質疑規定是要一張張亮票唱票再計票，卻有不少選務人員，先把票集中整理，計票員再一次畫了好幾個正字，甚至還有唱票跟計票不同步的，外界開始有作票的批評聲浪。事實查核中心在第一時間，就陸續釐清網路上的影片，目前確定有一疏失一錯誤。

開票現場民眾說：「ㄟ那個有點...要看得清楚。」，拿手機全程錄影，卻拍到票箱最底層，有一片白色紙板，選務員掀開來，挖出了不少選票，百萬網紅轉發自稱是監票人員群組的影片，還有這段。開票所選務員說：「賴清德一票賴清德一票，柯文哲一票柯文哲一票。」等等，難道計票員聽錯了嗎，怎麼會唱票喊柯文哲，計票卻畫成賴清德！

引發爭議的好幾段影片，還看到不少投開票所的選務人員先把票整理好。開票所選務員說：「二號賴清德一票，二號賴清德一票。」手上一整疊總統票，被民眾質疑，怎麼全部都沒有摺痕，就像新的一樣，還有亮票的動作不確實，秀在頭頂上，民眾根本看不清楚到底蓋在哪裡；甚至有直接分類集中，算好票數，再回報登記，一連畫了好幾個正字的。

但中選會的工作指引，有明確指出，在查驗投票匭和開封之後，要逐張檢票、唱票和記票，開票完畢，要向參觀民眾展示空票匭；也就是規定，不能先整理選票，更何況還有被民眾揪出，票數寫錯，最後才校正回歸。

因為引發質疑，事實查核中心立刻著手調查，針對喊一號畫二號的畫面，表示投開票所是台南東區的虎尾里活動中心，檢視發現中間有剪接痕跡，不是順暢的連續畫面，台南市選委會也進行確認，開票過程曾經有疏失，但經過民眾反應，後續已經修正，監票員複算核對，確認票數沒有錯誤。

另一段新北市三重區投開票所的影片，則是錯誤的，事實查核中心檢視，喊立委一號的時候，總統票的畫計人員沒有動作，卻被誤解沒畫柯文哲，傳言是把立委和總統的唱票混為一談，誤認作票，其他影片也還在釐清。