海葵颱風腳步近，離島交通首當其衝，截至下午4點，還有將近一千名遊客，滯留外島。在西部，金門與澎湖，往返台灣的班機明(3)日全面取消，因此數百名遊客，把握最後機會湧入機場，等待補位。而台東的蘭嶼和綠島，也各有100多名遊客滯留，尤其是蘭嶼機場，一度被擠得水泄不通，人潮從機場櫃台排到門口，但每架次只能載19個人，航空公司表示，會加開班次來因應。

長長人龍從櫃台前排到門口，旅客推著行李全都是為了登記候補機位，海葵颱風來襲就怕受困在離島，金門機場湧入大批人潮，旅客說：「早一點到想說再排早一點，(看可不可以早點飛回去)，不要到時候真的飛不走了。」旅客說：「(部分航班)下午3點以後飛機停飛，所以現在很多人在補了。」

金門往返台灣的航班3日全部停飛，今(2)日下午部分航班陸續取消，截至下午4點還有300多人在機場苦等，盼望能等到一個回家的座位，澎湖馬公機場同樣人潮擠滿滿，將近300人卡在機場，有民眾選擇乾脆走水路搭船到嘉義，旅客說：「回去風浪可能會很大，所以我們剛剛去買了一些暈船藥來吃，也不知道什麼時候會有飛機飛，所以就趕快有船票能夠回去台灣就回去台灣了。」

不只西部，東部也大受影響，在蘭嶼這隊伍從內排到外，沒搭上前一天的疏運船的旅客，現在海運取消，大家只能狼狽地趕來蘭嶼機場，碰運氣搭機返台，旅客說：「沒有船啊我們怕明天沒辦法回去，不曉得有沒有飛機還不曉得，聽天由命啊。」旅客說：「這盛況空前我第一次碰過。」蘭嶼機場還有100多人滯留，旅客心急如焚，不過班機輸運量小每架次只有19人，民眾歸心似箭，航空公司則表示會加開班次應對。