新冠肺炎將在5月1日降為第四類法定傳染病，指揮中心也將跟著解編，27日下午，總統蔡英文也親自到疾管署慰勉防疫團隊付出，表達感謝。而在最後一場指揮中心記者會上，前任指揮官陳時中也到場參加，他表示再次來到會場百感交集，有痛苦有心酸，因為儘管大家盡了最大努力，卻還是避免不了病毒帶來的傷亡；但也鼓勵民眾，未來新生活要持續保護環境，減少疾病出現。

司儀說：「謝謝全國人民以及防疫夥伴的付出。」深深一鞠躬，指揮中心終場記者會上歷任長官都到了，換下陪伴了大家3年多的指揮中心記者會藍色背板，指揮中心任務告一段落正式解編。前指揮官陳時中、專家小組召集人張上淳再次穿上指揮中心背心，回到最熟悉的地方，中央流行疫情指揮中心前指揮官陳時中說：「今天又回到這個場地也是感觸很深，很久很久打了很多很多的仗，跟大家站在一起度過很多艱辛的時候，一方面也覺得在疫情期間，不免有很多的遺憾，想要盡量避免一些傷亡，但是還是有一些避免不了，不過這些都漸漸過去，我們現在正要迎來疫後新生活。」

從疫情之初到接回武漢封城台商，再到全國三級警戒，挺過1194天，第960場記者會上終於迎來新生活，中央流行疫情指揮中心指揮官王必勝說：「代表指揮中心來說，第一個就是3年多的時間，事情很多責任很重很辛苦，不過可以替民眾出來服務，我想這是一件很光榮的事。」前後任指揮官大集合，疫情終於迎向光明，總統蔡英文也到場慰勞相關單位，逐一向指揮中心同仁致上感謝與敬意，總統蔡英文說：「言語是無法表達我心中的感謝，因為我們所有指揮中心的夥伴，跟在第一線的防疫人員，大家真的都很辛苦。」回顧防疫充滿挑戰也充滿溫馨故事，蔡英文細數3年多來點點滴滴，抗疫之路每一步都還歷歷在目，在防疫團隊的努力與2300萬國人的配合下，揮別病毒台灣正式迎向疫情後的陽光。