國軍從2日開始，強化戰備整備，知情人士證實，國防部長邱國正、參謀總長陳寶餘都進入衡山指揮所坐鎮，總統府發言人也表示，國安團隊及國軍隨時完整掌握狀況，總統會在衡指所之外，在國軍人員協助下，諮詢國安會和外交部做出政治性決策。

國軍從2日開始強化戰備整備，同時元首進入衡山指揮所的萬鈞車，已經完成待命，總統府表示，國安團隊及國軍隨時完整掌握狀況，國家政策研究基金會國家安全組副研究員揭仲說：「據我的了解不但部長會在，我們的參謀總長也都已經在衡山指揮所。」在衡指所內可以完整掌握台灣周邊軍事動態，有完整的指揮管制系統，而現在尚未進入戰時狀態，總統會在衡指所之外，在國軍人員協助下，諮詢國安會和外交部，做出政治性決策，再由衡指所的國防部長和參謀總長，指導第一線國軍如何應對。

國家政策研究基金會國家安全組副研究員揭仲說：「可能已經開始做對台灣陸地，進行大規模攻擊的準備的時候，這個時候才會比較考慮，總統是不是要轉進到衡山指揮所。」解放軍對台有攻擊可能性時，總統和副總統理論上，也不會處在同一位置，國家政策研究基金會國家安全組副研究員揭仲說：「(在戰時)對中共來講，他可能真的會進行所謂的斬首行動，就是除了攻擊我們的指揮體系外，也會攻擊我們的政軍高層。」軍事專家表示，台灣也會和美方保持聯繫，接受美方情資，同時也提供我方觀察到的情況，監控共軍一舉一動。

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