農田水利會主要掌控農業灌溉用水，也就是說，灌溉區水閘門掌握在少數人手裡，少數人又掌握著水利會的金流，長期以來滋養台灣地方派系政治！正因為水利會會員眾多，又具有綿密的組織系統，選舉時，往往成為藍綠兵家必爭之地！不過，出身水利會系統的立委都不贊成改制為公務機關，認為這等同是政府沒收人民財產，對農民的權益有哪些改善，卻不得而知。然而，贊成水利會改制的綠營立委表示，這樣可以擴大灌溉範圍，也能打破地方派系把持。 全國的農田水利會要是全部改制為公務機關，民進黨立委認為用水不均和防洪等問題都能解決，立委(民)蔡易餘說：「可以擴大所謂照顧農民的用水的一個範圍，排水如果失修的話，就會變成大雨來的時候的一個，防洪的一個漏洞，有必要要把一個排水從最上游到下游，這中間的區(域)排(水)啊怎樣，都必須要把它一次性地整治到位。」 但出身水利會系統的立委，不分藍綠都不贊成改制。立委(國)林文瑞說：「違反這個地方自治違反民主。」立委(民)黃世杰說：「法案本身還很粗糙，對於農民的福利對於農民的這個權益，有哪一些改進改善，這一些在農委會都沒有提出來。」 水利會成立可追溯到日治時期的1922年，目前全國一共有17個掌握灌溉設施系統，灌溉面積37.1萬公頃會員人數大約146萬人，總資產更超過3000億元。也因為具有綿密的組織系統，水利會常被視為藍綠「綁樁神器」，不但在地方選舉扮演重要角色，更是總統大選的兵家必爭之地。 東華大學民族事務與發展系教授施正鋒說：「開始民主化以後，所以它變成一個組織動員的一個工具，那個就是一個公民團體如果這樣講起來，你不能說因為它現在是，好像比較靠國民黨，你就把它整個就把它收歸國有，然後找自己人去。」未來水利會成為公部門，但政治紛擾未必結束，藍綠惡鬥恐怕將再添一樁。