復興航空無預警停飛後，航權分配成交通部棘手難題，現在由華航接手興航的國內兩條航線，至於離島航線，則協調立榮、華信和遠東增班支援，比較複雜的兩岸航線部分，民航局將收回航權，重新分配。 痛批復興航空不負責任，因為無預警停飛影響太大，行政院長林全親上火線，協調華航接手興航航線，第一階段先處理國內航線，12月1號開始由華航接手，但只有兩條航線，台北-花蓮每天一班，台中-花蓮維持，每周三班基本運量，離島國內航線協調，立榮、華信和遠東增班支援，金門-馬公因為航程短，加上是包機，則協調立榮航空，視需求提供飛航服務，兩岸航線將收回航權，重新分配。 國際航線部分，興航與華航重疊的航線，有需要增班就可以解決，像是清邁，就可以由華信、虎航來飛行，復興航空全面解散，交通部竟然狀況外，被林全點名要求檢討，蔡總統更說重話，等把眼前的事處理完後，回過頭再來檢討，不知道是不是壓力太大，傳出賀陳旦一度請辭，不過遭府、院雙雙否認。