針對周子瑜事件引發國人關注，總統府發言人陳以信今（16日）天表示，馬英九總統對於此事發展感到遺憾，對於周子瑜的遭遇也感到於心不忍，尤其每一位國民對中華民國的認同，對於青天白日滿地紅國旗的情感，都不該受到如此傷害，兩岸人民情感也不該受到刻意挑撥。府方還強調，總統已請外交部與陸委會，釐清韓方與陸方在此事中的角色，並清楚表達我們的嚴正立場，要求對方嚴肅面對。馬總統並呼籲大陸當局與人民，應該認知到，「真心擁抱中華民國的人，當然不是支持臺獨」，雙方應珍惜當前得來不易的交流成果，不要誤判。 馬英九總統上午在投完票後，親自對周子瑜事件發表看法。他指出，一個16歲的少女，在韓國的演藝界打拚，卻因為展示中華民國國旗，並沒有犯其他任何的錯，卻被迫道歉，他認為這樣是不對的，是我們不能接受的，馬總統並對周周子瑜表示，她沒有必要道歉，我們支持她，其次我們也要讓大陸當局跟大陸人民了解，一個衷心擁抱中華民國的人，絕對不會是台獨，我們對於國民，不論是在國內或是國外，認同中華民國、展示青天白日滿地紅的國旗，我們認為都是正當的，應該支持的。 而朱立倫對周子瑜事件則表示，看到畫面讓他很痛心、難過，希望大家永遠捍衛中華民國，他會拿國旗永遠跟大家站在一起，同時朱立倫也譴責周子瑜所屬的韓國經紀公司JYP，還有黃安的行為。 副總統吳敦義今早在投完票後，面對媒體詢問周子瑜道歉一事，他也直批「大陸太過份」，周子瑜是中華民國國民，拿中華民國國旗再正當不過，再愛國不過。