政府捐助的財團法人，遭「私有化」層出不窮，民進黨立委鄭麗君爆料，除了私有化，不少單位都有高薪肥貓佔著，平均年薪超過百萬，這樣的單位有36個。 像是「大考中心」、「海基會」，明年度平均用人費分別是105.9萬、136萬，高於科技研發型 財團法人，如「國家實驗研究院」116萬、「工研院」131萬，他認為相當不合理。與民間企業薪資水準落差極大，幾乎是多一倍待遇，但毛治國回應，他會依法辦理，但不同階段、有不同責任，費用有時會比較高