另外一個比較讓人擔心的問題就是南部的水荒還是沒有好轉，因此繼石門水庫供水區，在4月8號實施供五停二的限水措施後，經濟部的旱災緊急應變小組，決定高雄從5月4日開始，也加入三階段限水，實施供五停二，受影響的民生和工業戶共計有96.5萬戶。這是高雄史上第一次因乾旱，實施分區供水，水利署推估，實施三階限水後，每天估計可多省下16萬噸的水。