這幾年來，小琉球成為熱門景點，一年超過有一百萬人次來觀光，也間接造成島上生態被嚴重破壞，海底垃圾危害了綠蠵龜和珊瑚礁的生存。交通部最近還研擬，要在島上用BOT方式興建飯店，這讓居民相當擔憂，讓財團進駐，過度開發小琉球，會不會讓小琉球的美麗不再。 每逢假日，要到小琉球玩的遊客，總是擠爆碼頭，要搭船的人大排長龍。這幾年來小琉球變成最夯的景點，卻也因此傷痕累累。在海中浮潛強拉海龜，遊客圍住海龜追逐，不讓海龜離開，還有人把綠蠵龜抓進塑膠桶，有夠缺德；再看，酷似觀音像的天然珊瑚礁岩，觀音石也被惡意破壞，原本有的下巴和鼻子，都不見了，慘不忍睹。海底下一幕幕不為人知的景象，更讓人看了傷心，大面積的魚網和垃圾，纏繞、包覆著珊瑚礁，可憐的海龜被繩索纏住，海底垃圾破壞了生態，海洋志工每次一下去清，都是帶上來幾十公斤的垃圾。 最近交通部又研擬，要用BOT方式，在小琉球興建觀光飯店，居民就很反對，擔心財團進駐過度開發的後果，會讓小琉球的豐富生態受害，島上的美麗風光也可能消失不在。