復興航空班機前晚七點六分要求重飛到七點八分墜毀，這兩分鐘究竟發生何事有待釐清，民航局和鑑識人員從墜機現場的飛機殘骸發現，飛機翼和起落架都沒有收起來，完全不像是準備重飛的動作，澎湖地檢署從生還者描述墜機時看到機身起火，不排除飛機遭雷擊。 　　飛機為甚麼沒有走對路，走上不歸路，民航局和鑑識人員在墜機現場發現飛機殘骸不對勁，飛機的油門沒有加，再看到襟翼擾流板通通沒有收起來，連同起落架也是放下的，沒有收起，哪裡像是要重飛的狀態，只有在準備降落時，雙螺旋槳機型的飛機，才會把襟翼下方的擾流板打開，為了迅速降低滑行速度，縮短滑行距離，同時也會把起落架一同放下。 　　不過回頭看看失事的飛機，明明是要求重飛完全不像是重飛該有的執行動作，還維持要降落的狀態，以一個飛行經驗老到的機師，這是不可能犯的錯誤，而且從小港機場傍晚五點四十分起飛，預計三十五分航程，怎麼會飛啊飛的飛了一個小時又二十六分還無法降落馬公機場，未免盤旋太久，是甚麼因素讓機師下不了決定，事發當天晚上七點零六分要求重飛，在七點零八分卻應聲墜毀，這兩分鐘出了甚麼事。 　　澎湖地檢署表示，有生還乘客指在墜機看到機身冒火，加上殘骸無大面積火燒痕跡，也不排除飛機遭雷擊，民航局表示黑盒子已送往台北解讀，最快一周內對外公布，這要命兩分鐘，為甚麼變成生死兩個世界。