國安局的經費使用就像這個單位給人的印象一樣很秘密。親民黨痛罵這根本是一本爛帳，因為歷年來的剩餘經費再加上利息，不但沒有繳回國庫，而且有十億元下落不明，甚至還有五億元是進了台綜院的口袋。 　　國安局不方便出面說明，但是民進黨團卻覺得不可思議，用來補助學者的研究經費，怎麼能跟台綜院畫上等號，而且這筆錢只有一千九百萬。民進黨質疑在野黨是選後算帳，才會故意刁難，但是歷年來的國安局預算缺少監督卻也是個不爭的事實。