監察院調查發現，由政府捐助五成以上的財團法人，有二十一個主管的一年的薪水竟然比部會首長較多，最多的是國家衛生研究院院長、一年薪水八百四十一多萬，而排第二的工業技術研究院院長也有七百八十多萬，比總統六百二十四萬多較多。監院昨以未盡到監督管理責任糾正行政院，要求成立專案小組檢討改進。 　　經過幾個月的調查，監委發現政府持股5成以上的財團法人，主管機關完全沒有監督查核的財團法人高達66家，有21個財團法人的重要負責人年薪比部會首長還要高。監委表示，上一屆監委就為此提出糾正過，但還是沒有修正，監察院再度提出糾正。 　　行政院表示，會虛心檢討，監委要求行政院成立跨部會小組，對財團法人提出檢討改進，希望財團法人重要負責人的薪資能制度化，不然就是將政府國庫的錢，轉來轉去轉到私人口袋中。