損失如此慘重，國民黨立委邱毅認為高雄市長陳菊，縮減了下水道工程預算，忽略下水道淤泥問題，才會釀成災情，對於邱毅的指控，高雄市政府出面駁斥。 　　高雄市區一片汪洋，水深及腰，高雄市長陳菊穿著雨衣視察災情，卻被民眾轟的滿頭包，怎麼高雄市會鬧水災。國民黨立委邱毅指著手上的照片，怎麼高雄市下水道，竟然塞滿纜線，邱毅更質疑，高市政府將排水防洪的錢，由30億零八十萬降到22億675萬，一口氣砍掉7405萬，另外溝渠清疏預算，由1670萬變成427萬，一口氣減少1200萬，預算大砍，無法清除淤泥，他認為是淹水主因。高雄水災，陳菊猛挨批，黨主席蔡英文下令，綠營南部執政縣市幫忙救災，不僅幫忙陳菊度過難關，為五都選情設下停損點。