這次水災也重創全台16個觀光風景區，包括高雄縣茂林國家風景區、嘉義阿里山奮起湖小火車及花東知名溫泉區，短時間內恐怕無法重建完成，過去熱鬧景象現在變成一片孤城。 　　

莫拉克颱風的強風暴雨，讓原本遍佈南台灣山區的世外桃源美景受創嚴重，道路崩塌中斷難以通行，現在各災區又以搶救災民、運送物資和清理重建為優先，包括高雄縣茂林國家風景區、區內的寶來溫泉、不老溫泉，以及以雲海瀑布知名的霧台和原住民魯凱族聚居的多納，短時間內都無法提供旅遊服務。 　　嘉義的阿里山奮起湖、達邦和森林鐵路小火車，因為路基衝垮流失，也都暫停營運，不過姊妹潭和神木群安然無恙，只要阿里山公路搶通，遊客還是可以前來。觀賞螢火蟲，擁有野薑花溪步道的瑞里森林遊樂區則暫時關閉整建。 　　在溫泉部份，南投東埔、台南關仔嶺、台東知本、金崙及花東縱谷區的紅葉溫泉，受到溪水暴漲和土石流影響，估計至少半年內沒有辦法讓大家享受泡湯樂趣。倒是屏東墾丁和南投日月潭的業者發出緊急呼籲，說他們都躲過風災肆虐，但沒有躲過風災報導的波及，讓訂房率大減，希望大家有空可以來玩，提振觀光，也是幫助台灣趕快重新站起來的一種方式。