選前政治氣氛有利，黨中央又全力南下輔選，黃俊英最後還是以1114票之差落敗，沉重壓力刻掉在國民黨主席馬英九頭上。事實上，馬英九即將在12月25號卸下台北市長職務，成為全職黨主席，除了高雄敗選，包括黨內織改造與人事異動的壓力，以及和立法院長王金平之間的權力競合，都是他迎戰2008總統選戰前，必須解決的難題。 取消陪同台北市長當選人郝龍斌的謝票行程，馬英九前往高雄市長候選人黃俊英競選總部，要表示全力支持黃俊英所提的選舉訴訟，卻有民眾當場嗆聲，數度打斷馬英九談話。馬英九話根本講不下去，只好草草結束準備離開，但是民眾不死心，直接向馬英九前面衝去。 支持群眾無法接受黃俊英的開票結果，馬英九只能安撫再安撫，事實上，高雄市長選舉這一役，國民黨選輸一千多票，黨內同志認為，選前一天對手放出的走路工疑雲，輔選主將馬英九回擊的手法過於溫和，無法有效化解危機，是黃俊英再度落敗的關鍵因素之一。而在黃俊英表態要提出選舉訴訟，要求驗票之後，馬英九也只給了尊重一句話。就是這樣一派的馬式風格，讓一向親馬的黨籍同志都認為，即將成為全職黨主席的馬英九，將面臨更多考驗。 馬英九全力輔選高雄市卻仍無法突破重圍，政通人和的立法院長王金平在南台灣的影響力，再度成為馬英九的壓力，與王金平之間的權力競合，在立委選舉前如何整合出提名機制，劃分選區，以及與親民黨後續的合作，同樣是馬上等著馬英九解決的難題。 這一場被視為2008總統大選熱身賽的北高市長選舉，主將馬英九所交出的這張成績單，對他迎向2008，是危機也可能是轉機。