雖然中央氣象局認為這場海嘯不會波及台灣，不過，還是根據太平洋海嘯警報中心的資料，對台灣沿海發出了海嘯警報，這也是南亞大海嘯以來，台灣地區第一次正式的海嘯警報。

一場日本大地震，引發了國際高度關注，中央氣象局在15號晚間，將接近十一點的時候也根據太平洋海嘯警報中心的資料，將台灣納入警戒範圍，所以對台灣沿海發出了海嘯警報。

從台灣跟日本的距離，預估海嘯抵達時間就在十六號凌晨零點十七分，花蓮沿海要出海作業的船隻馬上受到影響。不過氣象局在二十分鐘後，大約十一點二十分就立刻解除台灣的海嘯警報。警報解除，虛驚一場，氣象局呼籲遇到海嘯警報民眾也不用恐慌。
氣象局表示，遇到發布海嘯警報後，只要民眾遠離海邊，海上作業船隻提高警覺、就不至於發生意外。

從南亞大海嘯發生後，這是台灣地區第一次正式的海嘯警報。地震中心實際照表操課，為的就是要防範未然。