包括台北縣三重市再度淹水，以及東湖地區的淹水災情，都有人將矛頭指向捷運施工所致，對此，捷運局北區工程處發表聲明表示，這次三重淹水並非捷運施工造成；至於東湖地區淹水原因，馬英九說，將要求捷運局儘快報告。