泛藍陣營指稱選前一天啟動國安機制，管制基層員警休假，以致無法投票。內政部長余政憲指出，十九日各地支援的警力僅兩千多人，且隨即在二十日投票當天返回駐地，依原先規劃前往投票。

由於外界這項「管制休假」的傳言始終不斷，內政部長余政憲二十四日晚間十一時三十分在警政署聯合勤務指揮所召開的記者會上再度提出解釋。

余政憲表示，依正副總統選舉罷免法相關規定，在選前二十天將戶籍遷至工作地點一樣有投票權。因此警政署在一月三十日通令各縣市警局，員警因工作因素無法投票，可在二月二十九日前遷籍，以利行使投票權。