針對泛藍陣營指總統大選前啟動國安機制，警方管制基層休假投票。對此警政署指出，大選投票日當天狀況雖有提升，但僅限保持警戒，在不影響選舉任務的原則下，多數員警依事前規劃採分梯次投票，並未影響員警投票權益。

警政署指出，這次總統選舉投票，事前即規劃各警察機關調整勤務，在不影響選舉任務原則下，所有員警，包含保一、保四、保五總隊替代役同仁採分梯次前往投票，並在投開票當天下午二時前完成投票，返回服務單位服勤或待命。

針對泛藍陣營指選前十九日下午正副元首在台南市遭槍傷，政府啟動國安機制影響軍警投票的說法，對此警政署予以否認。目前警界編制員額近八萬人，對於員警的政黨傾向，警政署則表示基於「行政中立」立場，並未作過類似調查。