這次選舉結果，陳呂配以兩萬多票，些微的差距，領先連宋配，中選會宣佈第十一屆總統、副總統由陳水扁、呂秀蓮當選，不過，連宋陣營決定提出選舉無效的訴求，認為高達33萬多票的無效票，是影響結果的關鍵，要求重新驗票，不過中選會則認為，這應該是跟有人策動投廢票活動有關。是否重新驗票，一切依法處理。比預期公佈選舉結果的時間遲了一個多鐘頭，選委會主委黃石城宣佈第十一屆總統、副總統當選人一號陳呂配得到六百四十七萬一千九百七十票，比二號連宋配六百四十四萬二千四百五十二票，以百分之零點二四的些微差距領先，由於數字實在太接近，連宋陣營強烈懷疑高達三十三萬七千多票的廢票，是影響選舉結果的關鍵，提出選舉無效的訴求，要求重新驗票由於在開票過程中，一度傳出高雄小港投票所將兩組候選人票數弄錯，不過，已經立即更正，主委黃石城強調，要申請重新驗票必須經過法院裁定，一切程序依法辦理。