陳水扁總統受到槍擊之後，立刻被送到台南奇美醫院急救。院方表示，總統腹部有個深兩公分，長十一公分的傷口，不過只有傷到肌肉層，傷口縫合之後已經沒有大礙，而呂副總統沒有直接中槍，只有傷到膝蓋，現在狀況也很穩定。

　　陳水扁總統的傷口，兩公分寬、十一公分長，還好沒有傷到腹腔內部，經過初步清理傷口，已經縫合。受傷當時，陳總統衣服滿是血跡，院方和總統醫療團隊立即為陳總統照胸部和腹部X光片，在腹部發現了圓錐形物體形狀的異物。

　　擔心異物卡在傷口裡，馬上再進行斷層掃描，最後確定腹腔裡一切正常，在陳總統的皮膚和衣服之間，發現了彈頭形狀的東西，還好沒有大礙，呂副總統受傷部位在右膝蓋骨，也發現類似的金屬異物，擦傷在一到兩公分之間。

　　院方還表示，兩位正副元首雖然受傷，但意識都很清楚，陳總統還是自己步行走進醫院急診室，也已經打電話跟夫人還有總統府秘書長等重要幹部報平安，呂副總統受到驚嚇，不過，現在情況都已經穩定下來。