原住民族政策協會對剛通過的「公民投票法」並未納入原住民族公投表示遺憾。協會理事長柏佑說，這代表憲法增修條文「國家應依民族意願，保障原住民族之地位及政治參與」的規定，及陳總統所簽訂承諾民族平等的「台灣原住民族與政府新的夥伴關係」協定完全被忽視。

原住民族政策協會表示，協會原本希望依照憲法精神，透過原住民族公投，建立「民族集體意願」表達的政治制度，做為民族意願表達的一種選擇；同時，為了防止「多數暴力」，原住民族議題必須取得原住民族同意，避免侵害原住民族權益。

然而通過的公投法稀釋原住民族的「民族」身分，原住民族權益將無法在公民人口比例為基礎的政治參與制度中獲得實質保障。協會表示，這只是再次證明主流社會漠視原住民族的地位。