而就在馬英九宣佈參選連任的同時，內政部也正研議，要將直轄市和縣市同級化，並且重新檢討北高兩市的人事財政權；國民黨表示，這明顯又是衝著馬英九而來，不過，代表民進黨參選的李應元認為，這的確應該通盤檢討，不必任何事，都要泛政治化。

　　內政部請各縣市一同來商討地方制度改造方案，其中調整直轄市權限、拉近城鄉差距部分，被國民黨立院黨團批評，這根本是在廢直轄市，和凍省一樣又來打馬；內政部原本想低調一點，沒想到又掀起戰火。(張秀曼 方起年 陳汎瑜 何興邦)