目前華航黑盒子的尋找工作，正由飛安委員會和中科院的海測船進行定位，雖然在澎湖北方海域深達五十七公尺的海床上，發現疑似兩具黑盒子發出的訊號，也曾經派出大批性能良好的軍艦到現場定位打撈，不過因為風浪太大，目前訊號減弱，必須等待明天重新定位，再派潛水人員打撈，這件空難的許多疑惑，目前都等待這兩具黑盒子提供答案。