陳水扁總統在地震發生之後，也立刻透過相關單位掌握資訊，表達關切。陳總統在了解災情之後，做出指示。由於災情並不嚴重，總統暫時不打算到災區巡視，先指示國防部做好準備，隨時準備救災，而行政部門也要確實掌握狀況，避免災情擴大，同時總統也呼籲民眾短時間內不要到災區去，以免危險。