在新任總統、副總統就職的同時，行政院新舊任院長、以及部會首長，同時也進行交接，新任行政院長唐飛、雖然身體微恙，但還是全程參加交接典禮，他期勉所有新任首長、一齊邁向新世紀。

　　交接典禮由新任的總統府資政彭明敏主持監交，新任行政院長唐飛從原任院長蕭萬長手中接過印信，象徵接下領航國家新世紀的重責大任，唐飛雖然還沒有痊癒，但是還是勉力出席交接典禮，他的氣色看起來也還不錯，除了推崇蕭萬長在任內的貢獻之外，唐飛期勉所有新閣員和他共同努力。原任院長蕭萬長則是感謝各部會首長兩年九個月的努力。

　　各部會首長則由唐飛逐一監交，然後宣誓就職，這是我國第一次內閣全部移交，陣容相當龐大，宣誓之後，行政院換上總統陳水扁玉照，象徵新時代來臨。(李儒林 劉秀瓊 李廷勇)