原本以為順利落幕的選務工作，卻在選後第四天高雄縣和台南縣都傳出選舉瑕疵，高雄縣甲仙鄉一個投開票所由於選務人員的疏失，誤植票數，使得陳水扁多出宋楚瑜四十張票，而台南市民德國中三年一班教室的抽屜內，則驚傳發現了一百多張支持宋楚瑜的選票。

　　這起選票遺漏的事件其實早在星期一就被發現，民德國中三年一班的學生在上課時，意外地在抽屜內翻出八十多張圈選宋張配的選票，還有的是散落在垃圾筒中，加起來總共有一百張左右，校方在獲悉消息後立刻通知選務單位處理；並且查封所有選票，等待檢察官的著手調查。

　　無獨有偶，高雄縣也傳出選舉計票疏失，位在甲仙鄉小林村的804投開票所，由於選務人員的疏失，使得宋楚瑜的票數短少成826票，陳水扁則增加為866票。高雄縣選委會立刻報請中委會更改總票數，而高雄縣和台南市也分別議處失職人員。(張宜楟 榮昊北)