大地震為鐵路縱貫線也造成了災情，山線的苗栗三義到后里之間，好幾個隧道內，發生頂拱落盤，石塊剝落最嚴重的高達一百多噸，導致鐵軌扭曲變形，當地鐵路交通因而中斷，預訂要下個月十五號，才可望恢復通車。