農委會下午證實，金門牛感染口蹄疫的病毒，並非是已在台灣流行的台灣型O病毒，不過目前農委會不敢確定病毒是來自大陸。而為了追查疫情來源，農政單位也不會貿然全面施打新病毒疫苗，以免產生抗體，反而無法找出源頭。

　　金門爆發七十年來首見的口蹄疫，為了全力防堵，台灣本島更是總動員。在追查病毒來源方面，下午農委會宣布，經過DNA比對，確定這回並非過去兩三年間在台灣引發疫情的O型病毒。

　　農委會在追查源頭尚未告一段落之際，也不打算全面施打新病毒疫苗，以免家畜產生抗體。而一般認為，這次疫情和大陸走私牛不無關係。所以目前以鎖定金門徹底防堵、加強防疫為重心。

　　此外，消費者更擔心金門牛的流向。據統計，今年一到五月，有295頭金門牛來到台灣，其中還有55頭來自這次爆發疫情的新瑤記牧場，不過農委會表示，這些牛都經過檢疫，衛生安全沒問題。

　　金門牛來到台灣後，分別被送往台南縣山上鄉和善化鎮的繫留所，還有台北縣江子翠屠宰場。防治所人員也前往這些地方消毒，並進一步追查有無口蹄疫病毒感染。