馬英九任用工運人士鄭村棋出任台北市政府勞工局長，被各界視為大膽嘗試，也引起國民黨李主席的關切。對此馬英九表示，這足以證明，黨中央在人事派任上並沒有給他任何包袱，對於這些有爭議的人選，他也希望大家不要看他們過去的背景，要看未來表現。

　　每年發起勞工秋鬥遊行的工運健將鄭村棋，一直在體制外為勞工的權益吶喊，如今從在野批判角色轉換為執政者，要如何落實改革理念，對他而言，是一個挑戰。

　　以一本“勞工白皮書“獲得鄭村棋認同的馬英九，承認這是大膽嘗試，各界的反應都在預料中，他期待鄭村棋能扮演橋與窗的角色。

　　國宅處長郭瑤琪被留任，也引發爭議，有不少黑函指稱郭瑤琪任用親信，還曾在選舉期間為陳水扁站台。(蕭裔芬 張政捷 何興邦 劉秀瓊 李廷勇)