雖然這次劫機犯的身分和過去不同，但政府在處理的方式上，完全是依照以往的既定模式，行政院長蕭萬長並且強調，只要是劫機，就一定會交由司法處理，沒有例外。

　　雖然大陸民航機的機長劫機，是破天荒的第一次，但政府的處理態度，顯然和過去一樣，那就是，不論身分，劫機都是不被允許的。

　　不過，由於這次的劫機犯，相當特殊，中午在內政部緊急召開，成員包括國安局，陸委會在內的中央危機處理小組會議，還特別透過海基會，發函大陸海協會，要求先確認在其他的機組員中，是不是還有具備正駕駛資格，可以經過第三地，把飛機飛回大陸，並且還要提供書面授權，保證人機的安全。而海協會也在這個時候，提出了將劫機犯，連人帶機一併遣返。不過，海基會已經拒絕了這項要求。從上午十點十九分，空軍戰管雷達，發現了這架偏離航向的中共民航機後，兩架Ｆ﹣５Ｅ和ＩＤＦ立刻升空導引，到降落在中正機場，共歷時了將近一個小時，而全部過程，完全是依照正常的處理程序。

　　由於客機在廈門上空，表示將要飛到台灣後，中共的戰機並沒有緊急升空的攔截動作，根據了解，這是因為單純的劫機事件，基於人跡安全的考量，中共才沒有太大的動作。(陸剛 張其強 王惠敏)