迎佛牙原本是美善的宗教活動，但因政府高層官員參與，引發是否助長迷信的質疑聲音。同時沒有參與的佛教界人士，是否有派系爭議，相關人士都提出澄清。迎佛牙在國內及東南亞掀起熱潮，由於我政府高層熱烈投入，引發立委質疑官員帶頭從事宗教活動是否適當，加上國內意外事件頻傳，也有人猜測，首長迎佛牙，是為內閣消災。而慈濟功德惠對佛光山主辦的迎佛牙活動ㄝ也樂觀其成。

　　對於外界傳聞慈濟沒參加迎佛牙，是和星雲大師有派系心結，慈濟基金會鄭重否認