民航局也在接到國華班機墜機消息後, 立刻召開緊急會議. 交通部長蔡兆陽則在八點多趕到民航局, 和民航局長蔡堆討論救難事宜，隨後並趕到新竹現場. 民航局表示，保七, 漁會和軍方都投入救援工作. 不過, 民航局也決定, 要停飛這型SAAB340 機隊.您現在看見的飛機, 就是這次國華SAAB340機型的飛機模型. 民航局在晚間已經決定, 停飛國華航空六架SAAB340機隊.飛機必須停飛檢修, 並且接受標準組測試。目前停飛這型SAAB機隊所影響的航線. 包括了台中高雄每日兩班. 台中馬公和高雄馬公停航. 台北高雄每日兩班. 台中台東每日一班.新竹嘉義每日一班. 高雄台東則是每日兩班. 其中台東嘉義航線由於只有國華航空經營. 蔡多表示, 如果一時之間還找不到其他航空公司可以代替. 可能暫時還是由國華來經營而在稍早七點四十八分確定飛機墜機之後. 交通部也立刻在八點三十分成立災害處理中心民航局並且派出了四名人員到新竹航空站以及南寮漁港, 隨時準備幫忙機上旅客以及機員的家屬, 處理善後事宜