同樣也引來環保爭議的核廢料貯存問題。現在外傳離島的烏坵鄉，將是台電核廢料最終處置場的優先場址。乍聽這項消息的烏坵鄉民立刻有激動的反應，，他們表示要抗爭到底，一方面，台電也否認場址已經確定的傳聞。

　　未來台電核廢料最終處置場目前台電的場址評選作業，已經進入最後階段，並且傳出最終場址評選名單，已經鎖定台東縣達仁鄉、蘭嶼鄉以及首次上榜的離島烏坵鄉，而人口稀少的烏坵、居民加上駐軍只有七百多人，人少問題就少，外傳已經列為第一優先的候選場址，不過台電表示場址名單根本還未決定，而烏坵鄉長更表示，鄉民的態度是反對到底。

　　不管最後台電提報名單是哪裡，原能會說，審查原則，絕對以保障安全為第一要務。而針對烏坵可能成為核廢料最終場址一事，國防部方面表示，沒有獲得相關訊息，不過將尊重政策。