上班第一天，蕭內閣就面臨一連串人事異動的問題，行政院長蕭萬長表示，本週三將會公佈整個內閣人事案教育部長吳京一到行政院團拜會場，所有媒體記者和老同事就一踴而上，讓這位將卸下教育部長職務的教改頑童，備感溫馨。

　　青輔會主委黃德福，則被研考會主委楊朝祥戲稱是中輟生，他則希望回到學校教書去。

　　相較於內政部長葉金鳳和僑委會主委祝基瀅的缺席，未在職務更動名單內的經濟部，財政部和交通部的首長，則是神采奕奕的到達會場和同仁道恭喜，蕭院長在致詞時提到新內閣要有新氣象，不過對於浮上台面的內閣異動名單，他仍不願證實。

　　不過目前可以肯定的是內政部長將由黃主文接任，教育部將由林清江掌舵，新聞局由程建人接掌，勞委會則是由詹火生擔任主委，青輔會是由李紀珠接棒，國科會主委是逢甲大學校長黃鎮台，僑委會委員長則是由焦仁和轉任。