民進黨在這次縣市長選舉後呼籲政黨協商，不過對於即將為兩岸協商暖身而召開的國統會，受邀參加國統會的台北市長陳水扁不僅不參加，而且批評國統會是盲腸單位，也就是說可有可無。

　　拿下十二個縣市長席次，台北市長陳水扁表示：民進黨不會迴避二岸問題，未來會提出更具體的民進黨版兩岸政策，但對於週六召開的國統會，他照慣例還是不會參加陳水扁還把矛頭指向黨內同志，表示部份當選的民進黨縣市長想參加行政院會，只是一時憧憬喊出朝野合作的民進黨，卻拒絕協商管道，不過陳水扁強調，還是祝福國民黨及內閣改組成功。