雖然選戰平和落幕，但還是傳出抗議的聲音。台東縣以一千票之差落選的徐慶元，要求重新開票，法院在受理後發現，有兩個票箱可疑，將通知縣選委會、進行驗票。

　　這不是慶祝當選的鞭炮聲，而是國民黨自行參選的台東縣長落選人徐慶元，因為只輸1025票，再加上懷疑開票過程有問題，帶領支持群眾一千多人到縣府抗議，讓台東的選情之夜，充滿了煙硝味。

　　抗議活動一直進行到清晨五點多，台東地方法院才受理證據保全的聲請，並且開箱查驗。初步發現有兩個票箱，共兩百九十五張有疑慮，雖然不會影響選舉結果，法院還是要求縣選委會，重新驗票。

　　而連任成功的台東縣長當選人陳建年，並沒有受到這件事的影響，他認為，選舉過程，公正公開。

　　陳建年還是依原定計劃出門謝票，不過在抗議事件陰影下，陳建年在謝票時，外套裡，多穿了件防彈衣。