再來看國華航空馬祖空難的後續追蹤。，到底是什麼原因造成飛機失事，是人為因素、機件故障還是天候影響。經過各種狀況研判，民航局分析，有可能是駕駛員認錯跑道的位置，才造成不幸。

　　到馬祖參與失事調查的民航局副局長張國政，帶回來現場的初步資料，並訪談當時的塔台管制員，發現當駕駛員準備進場時，管制員根本沒有看到飛機。顯示，駕駛員的進場程序，位置可能已經失誤。從這張馬祖機場的位置圖來看，正常進場程序應該飛過短波山，進入跑道，但是飛機撞山的航道位置，就在和跑道左側平行的方向，即有可能駕駛員誤認了后沃沙灘，認錯跑道，再加上氣象資料顯示當時六百呎到八百呎高度有疏雲，壁山頭被雲遮住，駕駛在無預警的情況下，一頭撞上去，這也是為什麼座艙通話記錄器中，沒有任何求救聲。而從撞山前兩分鐘，駕駛員和航管對話中也可以看出來，駕駛員沒有肯定，已經看到跑道，再加上從現場找到的殘骸，飛機起落架已經放下，和重飛程序要求的收起起落架不同，顯示駕駛當時已經準備降落，因此高度不高，從撞山時高度表顯示的650呎來看，駕駛員沒有保持安全高度。種種跡象顯示，可能有人為疏失。

　　民航局強調，在最後報告沒有出來之前，都只是推論，也因此，所有的疑點都還要再過濾。包括飛機和引擎製造商，都已經來台參與失事調查。